JR东日本公司运营了全日本绝大多数的新干线线路。（新干线由JR东日本、JR 东海、JR西日本、JR九州在运行）。 日本的新干线包括：东北新干线、秋田新干线、山形新干线、上越新干线、长野新干线、东海道、山阳新干线，还有九州新干线。（注：东海道、山阳新干线和九州新干线不是 JR 东日本公司经营的新干线。）
日本新干线线路图
东北新干线（Tohoku Shinkansen）：运行区间为东京（Tokyo）——八户（Hachinohe），全长631.9 km 开业年份：1982年。 运行车种：200系、400系、E1系、E2系、E21000番台、E3系
、E4系。 沿途各站点为：东京（Tokyo）—上野（Ueno）—大宫（Omiya）—小山（Oyama）—宇都宫（Utsunomiya）—那须盐原（Nasu-shiobara）—新白河（Shin-shirakawa）—郡山（Koriyama）—福岛（Fukushima）—白石藏王（Shiroishi-zao ）—仙台（Sendai）—古川（Furukawa）—くりこま高原（Kurikoma-kogen）—一ノ关（Ichinoseki）—水泽江刺（Mizusawa-esashi）北上（Kitakami）—新花卷（Shin-hanamaki）—盛冈（Morioka）—いわて
沼宫内（Iwate-numakunai）—二户（Ninohe）—八户（Hachinohe）。
秋田新干线（Akita Shinkansen）：运行区间为盛冈（Morioka）——秋田（Akita），全长127.3 km 。 开业年份：1997年 运行车种：E3系 沿途各站点为：盛冈（Morioka）—雫石（Shizukuishi）—田泽湖（Tazawako）—角馆（Kakunodate）—大曲（Omagari）秋田（Akita）。
山形新干线（Yamagata Shinkansen）：运行区间为福岛（Fukushima）——新庄（Shinjo），全长148.6
km 。 沿途各站点为：福岛（Fukushima）—米泽（Yonezawa）—置赐（Oitama）—赤汤（Akayu）—中川（
Nakagawa）—山形（Yamagata）—天童（Tendo）—东根（Higashine）—村山（Murayama）—大石田（
Oishida）—新庄（Shinjo）。
